Cette histoire de t caché est une astuce vaseuse (mais pas pire que d'autres.) Seulement, elle peut passer pour une petite escroquerie ; il faut être plus clair.
La liaison qui s'entend [t] avec d est une affaire phonétique automatique, qui se produit ailleurs. Ex. Quand_ il est parti. (Il faut noter qu'on l'accepte très bien ; on doute même du t de " quant à "). T et d ont une ressemblance phonétique, la même que celle de c-g, p-b ...qui produit souvent des troubles orthophoniques.
Ceci n'a rien à voir cependant, à priori, avec le genre d'explication employé dans la description des conjugaisons. Le d de 'il prend' est une " lettre de famille " qui appartient à la " figure " du mot prendre ; ce n'est pas une terminaison. Mais pas davantage il en cache une. Il a simplement évincé un t incongru visuellement et sans utilité phonétique importante.